深渊和世纪系统，彼此对立，是这个多元宇宙诞生时就诞生了的，目前为止整个多元宇宙最高位的存在。
  世纪系统，相对于深渊，是类似于“有”的概念的代表一般的存在。它的使命是让这个多元宇宙维持着正常的存在——换而言之，就是保持世界本身的存在。最初，世纪系统以自身介入世界，对抗深渊的入侵，效果卓著，但也有对于虚空影响较大等弊端，以及系统本身受损，导致多元宇宙直接崩解的风险。
  随着时间的推移，深渊入侵的规模不断地扩大，同时虚空之中孕育出的世界也越来越多，世纪系统分身乏术，出于这一原因，以及自身安全的需要，它设置了“code”这一代行者职位，通过将无数世界划分进大量的彼此区分，但也有重叠部分的分区之中，交由code来代行系统的行动。
  世纪系统内部运营有足以维持code生活和休息的各个区域，但是似乎是出于安全性的考虑，在系统内部，code无法会面和交互。
  世纪系统为每个code提供必要的量产型装置、技术，训练设施和格纳空间，以及改造和建造服务，并且将code自己获得的技术加持成在所有世界都能通用的，独立于世界的科技树。在code满足特定条件的情况下，还可以为code提供名为“领地”的独立后勤世界。领地在世纪系统的完全保护下，永远不会受到深渊的威胁，但是作为交换，则需要尽力支持code的行动。
  据说世纪系统本身并不关心世界内部是和平还是战争等状态，是一个冷漠武器的家伙，但是随着时间的推移，最近越来越像是一个普通的、有感性的意识了，因此越来越受到了code们的好感。也因为如此，世纪系统最近似乎偶尔会做出一些出格的举动。
  根据code任务结束后根据世界线变动水平来提高奖励的现象来看，也许世纪系统的能量来源是世界之间距离变化或是世界本身变化又或者是世界线变动而从无尽虚空中得到的能量也说不定。
  深渊，也是诞生自多元宇宙诞生的那一刻的存在，但是相对于世纪系统，它似乎是混乱、邪恶且充满了破坏欲望和倾向的家伙——甚至于这玩意究竟能不能算生物也是个谜。它们平时完全无法观测（但是世纪系统似乎有模糊的感知能力，从而针对性的前往世界与之对抗），但是当它们想要侵蚀和破坏世界，却必须依附在一个实体上才能开始。
  以往的code一直没有找到深渊的活动模式，但最近新晋的机战区code似乎对此有所发现。
  深渊首先会寄生于世界内某实体，其总数一般为一个，大多数情况下，进行侵蚀的深渊数量都是一到三个。它们会倾向于寄生在有野心或是破坏欲望又或者是其他什么负面情绪，同时又可以为之采取任何行动的个体身上。它们会强化宿主的这一倾向，但此时宿主依然抱有意识，深渊本身也处于没有活性的状态。有少数报告表示深渊也会寄生于非生命体，并且在接触到合适的生命体个体之后转移到其身上。
  在经过一段时间的寄生潜伏后，深渊会真正的活性化——这一般需要一个契机，常见的是宿主的恶性欲望高度爆发——它会化为蠕动的黑色不明物质，将它所触及的所有东西都化为这种物质。此时其宿主将失去意识，仅保留大体的形体。
  由于不明的原因，它在侵蚀任何有破坏力的装置（譬如舰船、ms）后，依然会保留其大致形态，并利用（或是拟态？）其原有武器进行攻击——这一情况下此装置的防护力和破坏力都将有着飞跃性的提升。
  然而，实体化的深渊是目前可见唯一有效的可被攻击的状态，因此世纪系统和code主要对抗的也是这一形态的深渊。由于深渊感染体的高强度和高破坏力，一般用于对抗深渊的武力也是高度精英化的。
  深渊在这一阶段后，将会开始快速的扩张阶段，当世界的物质被侵蚀率达到一定水平后，似乎有可能导致code与系统之间的联系断开；随着侵蚀率进一步提高，很快就会达到“世纪系统判定难以挽救或者无法挽救”的状态，也就是“沦陷区”。
  当侵蚀率达到100%后，世界似乎会在更高层面上开始受到破坏。这一状态的世界是完全没有可能修复的，因此世纪系统会动用自己的力量将这样的世界直接从根本上毁灭——这同时也是毁灭一个世界内的深渊的最终手段。
  有猜测表示深渊退行会侵蚀前物质是可行的，但是目前为止还没有成功的研究成果；也有猜测表示深渊有可能可以成为与世纪系统不再对立的无害存在，但由于该提案过于危险，且难度过高，目前为止没有进行过任何的相关研究和试验。